III. Amenhotep és Teje fia IV. Amenhotep néven kezdett uralkodni, majd 5. uralkodási évében nevét Ehnatonra, vagyis “aki üdvös Aton számára” változtatta. Ezzel hivatalossá tette új vallási elképzeléseit, melyek középpontjában Aton (“a napkorong“) állt. Hamarosan újonnan megépült fővárosába, Ahetatonba (“Aton fényhegye“) költözött, ahol a napkorong egyedüli isteni tiszteletét hirdette, a többi istennel szemben. Amon nevét mindenhonnan kivésette. A vallási reformmal párhuzamosan a művészeti élet is átalakult, egy sokkal közvetlenebb, kötöttségektől mentesebb stílus alakult ki, melyet amarna stílusnak neveznek. Vezető szobrászának, Thotmesznek a műhelyét az ásatások során fel is tárták. Innen került ki a híres berlini Nofertiti szobor, mely Ehnaton főfeleségét ábrázolja, aki 6 lánnyal ajándékozta meg. Kezdetben kiemelt szerepet kapott Kiya nevű felesége is.

Egyes feltételezések szerint ő szülte neki Tutanhamont. Ehnatont Amarnában épült sírjában temették el, de később átköltöztették a Királyok Völgyébe. Uralkodása kezdetén Karnakban is épített templomot Aton, a napkorong tiszteletére. Ezt később Hóremheb idején lebontották, anyagát pedig töltőanyagként beépítették a 9.-10. pülonba (monumentális kapuépítmény). Számítógépes feldolgozással sikerült belőlük több falfelületet is rekonstruálni.